Seewen liegt auf 544 m ü. M., 15 km südsüdöstlich der Stadt Basel (Luftlinie). Die Gemeinde erstreckt sich am östlichen Ende einer breiten ebenen Fläche des vom Seebach durchflossenen Seetels, südlich der Hochfläche des Gempenplateaus, im Schwarzbubenland.
Mit einer Fläche von 16,4 km² ist Seewen die grösste Gemeinde des Bezirks Dorneck. Das Gemeindegebiet umfasst einen Abschnitt des nördlichen Juras und weist eine grosse landschaftliche Vielfalt auf. Geologisch befindet sich Seewen in der Übergangszone vom Tafeljura zum Faltenjura, der hier weit über die ungefalteten Schichten überschoben wurde. Das Gebiet wird vom Seebach zur Birs entwässert.